El microbioma intestinal, por su accesibilidad y tratándose el intestino de un órgano que alberga bacterias de modo natural, es el que más se ha estudiado. Por otro lado, la visión tradicional del tracto respiratorio inferior del sujeto sano era la de un lugar sin ningún tipo de germen. Este concepto se ha visto desplazado cuando se ha podido secuenciar ADN de gérmenes abriendo así la posibilidad al estudio del microbioma pulmonar, con una carga bacteriana netamente inferior a la del tracto digestivo, que puede variar en función del método empleado para su estudio (expectoración, aspiración, lavado bronco-alveolar, etc.).
Los gérmenes del microbioma pulmonar suelen provenir de la inhalación bacteriana del exterior o de la mucosa del tracto respiratorio superior. Su composición y número depende del equilibrio entre la entrada y eliminación de microorganismos y, en menor grado, de la persistencia de microbios residentes. La colonización se inicia en el nacimiento, existiendo una simbiosis entre los microorganismos y el huésped de tal forma que participan de forma activa en el mantenimiento del sistema inmunitario. La mayoría de esta flora no es cultivable en los medios habituales, precisando para su identificación técnicas de amplificación y secuenciación de ADN.
Se conoce como disbiosis a las modificaciones cuantitativas o cualitativas del microbioma. Estas alteraciones juegan un papel importante en la respuesta inmune porque hay una clara interacción entre esta y el microbioma. No solo esto, sino que, además, existe una interdependencia del microbioma intestinal y el pulmonar, aunque el conocimiento de este último no se encuentra tan avanzado respecto al intestinal. Respecto al asma, parece que puede existir una ventana de oportunidad en la que alteraciones del microbioma ocurridas en la primera infancia pueden condicionar la aparición de asma o condicionar una prevención frente a su aparición.
El microbioma se encuentra en una situación de equilibrio condicionado por numerosos factores que, si lo alteran, influirán en la maduración del sistema inmunitario.
